箱館奉行所は幕末の箱館開港に伴いに設置されました。当初は箱館山麓に置かれていましたが、防衛上の理由から亀田に移転しました。現在では北海道を代表する観光名所となっている五稜郭です。五稜郭の外堀は、ヨーロッパの城塞都市を参考にした土塁から成ります。もっとも、半月堡が一カ所しかないことや、土塁の低さにより、軍事上の価値が高い要塞とは言えないようです。その五稜郭は、戊辰戦争最後の戦いである箱館戦争の舞台であり、「箱館政権」による本陣でもありました。しかし、戦後の1871年には、ほとんどの建物が解体されました。
近年、長年にわたる発掘調査や古図面などをもとに建物の一部の復元が進められ、2010年に竣工、新たな観光資源となっています。
